Elsőre talán az lenne az ötletem, hogy próbáld meg iframe-be rakni a tartalmat.
A lejátszó meg mondjuk kerüljön a menükhöz, vagy ahova szeretnéd, csak ne az iframe-be legyen.
Pl.:
< !--Itt van a lejátszó-- >
< !--Menük-- >
< a href="mittomen.html" target="elsoframe">Menü1< /a>
< !--Frame-- >
< iframe name="elsoframe" width="600" size="400" src="index2.html">< /iframe>
Csak egy ötlet, biztos van más vagy egyszerűbb megoldás is. :)