Ez azért disztribúció- és alkalmazásfüggő, mindkét rendszeren (jó, winfoson egyetlen disztribúció létezik, ugye).
Pl. az, amit én használok, rendelkezik ún. package flagekkel. Ezekkel megmondhatom, hogy az adott package-ből milyen funkciókat kérek bekapcsolni, és miket meg nem (pl. legyen-e a php-ban vagy az exim-ben mysql támogatás). Persze az már az adott package maintaineren is múlik, hogy csinál egy buta package-et, amin semmi nem állítható, felrakja az adott alkalmazást, oszt csókolom, vagy az alkalmazás által lehetővé tett feature-öket külön-külön bekapcsolhatóvá teszi. Meg persze ha az alkalmazásban semmi lehetőség nincs az adott feature ki-bekapcsolásához, akkor megint csak "így jártunk".
Az is szokásos, hogy a nagyobb, több részből álló package-eket szétszedik n db külön részre, a megfelelő dependenciákkal.
A gnome-nál nem tudom, hogy mit szerettél volna, igazából az a része, ami központilag tekert kéne legyen, az inkább az xorg.conf-ba való cuccok (az nem is a gnome-hoz tartozik), a saját desktopján meg mindenki a saját szerencséjének kovácsa, de azok a beállítások amúgy is a user home-jában vannak...