Linuxokat akár cpio-val, tar-ral is át lehet vinni, win-t az ntbackuppal eddig nagy sikerrel tudtam mozgatni gépek között.
Viszont így a kérdésedből arra következtetek, hogy te a meglévő VDI fájlokat akarod átalakítani úgy, hogy pl. dd-vel rá lehessen tenni egy fizikai diskre. Erre esetleg a VBoxManage clonehd lenne jó - elvieg tud raw formátumba konvertálni -, de még sose próbáltam ki.