Java első körben, de mivel már régóta halálhírét keltik, és emiatt aggódsz, akkor .NET (C#, ahogy írod, vagy bármi ami kézreáll).
Linux-os monodevelop nem is olyan nagyon kínos, mint fentebb elhangzott. Mondjuk ez kényelem kérdése, PHP-t pl. én még mindig vi-al fejlesztek. Ha GTK# a GUI, akkor nem látok sok problémát a platformfüggetlenséggel (majd megmondják, hogy mire nem gondoltam :) ). Ha "kínszenvedsz" a mondodevelop-pal, akkor Win alatt kell fejleszteni, és csont nélkül fut Linux/mono alatt. Ugyanez igaz fordítva is.
Szerintem. :)