Hmmm, a gnuplot meg az xfig nem voltak rosszak tíz évvel ezelőtt, de ha haladunk a korral, akkor talán gnuplot helyett GNU R (www.r-project.org), xfig helyett meg inkscape.
Mindkettő tud mindenféle formátumba menteni (eps, pdf, svg, etc.).
A scannelt ábrákat, ha vonalasak, akkor egyszerűen újra lehet rajzolni inkscape-ben, beteszed elhalványítva, aztán átrajzolod egy másik layeren. Sőt, trace-elni is lehet, az egy jó kiindulópont és nem kell elölről kezdeni.