Szerintem nincs legjobb open source webmail, mindegyikkel van valami bajom.
Elsősorban architekturálisan (a web2 világában ezek még mindig szerveroldalon csinálnak mindent, tulajdonképpen statikus HTML generátorok, kevés moduláris, azaz van meg benne egy jó absztrakciós réteg, amelybe bele lehet tenni saját dolgokat, vagy könnyen át lehet szabni, például az IMAP backendet), de a squirrelmaillel konkrétan egyebek is (nem túl frissek az élményeim, de ez is kb. olyan szinten van kódolva, mint ha én írtam volna (eltekintve attól, hogy PHP))...