Ha csak 2-es protokoll-t engedélyezted, akkor nem abban a fileban keresi. Én mindig szoktam egy symlinket is rakni:
ln -s ~/.ssh/authorized_keys ~/.ssh/authorized_keys2
Remélem ez segít, ha nem, akkor kellene az ssh és sshd config, hogy bővebbet tudjak mondani, illetve az lehet még, hogy a pam van félrekonfolva (bár ez ritka).
Szerk: ja, és ssh -v kimenet is hasznos.