Szerintem a rendszergazdával beszéld meg a következőket:
1.) ssh átállítása, hogy csak kulcs alapján engedjen autholni
2.) ftp teljes megszüntetése és php programozó rávétele sftp használatára
3.) ssh portjának megváltoztatása
4.) base64 teljesen jó lesz neked, a legtöbb levelező úgy is azt használja