Ha több merevlemezed van és egynek szeretnéd kezelni őket, akkor én azt ajánlanám hogy partícionáld és telepítsd újra LVM (logical volume manager) fájlrendszerrel. Ez logikailag egybe rakja a fizikai partíciókat, és teljesen úgy kezelheted, mintha egy lenne.
Egyébként 3 GB elég szűkös ha mindent felszeretnél tenni (grafikus felület stb.) szerintem, nem? Én úgy emlékszem a Debian 4.0 Etch nekem 3 giga fölé ment alaptelepítéssel (+ szokásos csomagokkal).
Nem lehet hogy azért nem tudja megát beírni a Grub, mert hibás a merevlemezed?