Pár kérdés:
1. Van-e /var/lib/mysql könyvtárad, ha van, akkor van-e benne valami és milyen jogokkal.
2/a. Ha nincs, akkor a 'mysql_create_system_tables' mit mond/mit csinál?
2/b. Ha van, akkor a 'mysql_fix_privilege_tables' parancsnak mi az eredménye?
3. Ha egyiknek sincs megfelelő eredménye, akkor nincs véletlenül áthelyezve máshova konfigban a datadir a system táblákkal együtt?
4. Bugreportolj, így nagyobb az esélye, hogy értelsülünk a hibáról...