Ha az MFT sérült, az rossz ómen. Szerintem nem fogod megúszni a formázást, legalábbis nem hinnék benne, hogy mással megbízhatóan helyre lehet rakni.
Amit hasonló helyzetben megpróbálnék, az a következő. A Microsoft saját image-elési technikáját (WIM) használva lementeném az adott partíció állományait, majd formáznám az egészet, és mehet vissza az image. A WIM egyik jellemvonása, hogy a Ghost, partimage, stb. megoldásokkal szemben állomány alapú, és nem szektor, míg a célja ugyanaz.
A probléma megoldásához szükséges Windows PE, az imagex segédprogram, és a dokumentációk a kissé súlyos méretű Windows Automated Installation Kit részei. Ez ingyenesen letölthető innen: http://www.microsoft.com/downloads/details.aspx?FamilyID=c7d4bc6d-15f3-4284-9123-679830d629f2&displaylang=en
Egy step by step guide, akiből neked a 4-es és 5-ös lépések érdekesek:
http://technet2.microsoft.com/WindowsVista/en/library/88f80cb7-d44f-47f7-a10d-e23dd53bc3fa1033.mspx?mfr=true
Ezek alapján el kell tudnod boldogulni. Ha mégis konkrét segítség kell, szólj.
Egyben nem vagyok csak biztos, az pedig a Windows aktivációs állapota. A rendszer/boot kötet új azonosítója miatt nem kizárt, hogy ismét aktiválni kell (kivéve ha corporate vagy bizonyos előaktivált OEM kiadás).