PyMol: 3D-s abrazolas, aminosav mutacio, stb....
gOpenMol: OpenGL-es ez is abrazol, Gamess-US trajectoriakat lehet nezegetni,
Babel: alapveto konverzios progi (kulonbozo formatumok kozott)
Gromacs: Molekulad Dinamikai csomag.
Tinker: Molekula Mechankai csomag.
Johan Aqvist fele Q-package: MD, LIE, FEP, EVB.
Mopac-6: Mopac93 kicsit butitott valtozata (semi-empirikus)
Gamuss-US: Gamess-UK butiott valtozata, semi-empirikus es ab-inito szamolasokhoz.
AutoDock: dokkolas
AutoDockTools: AutoDock input szerkesztes.