Igen, ez tipikusan azért fordul elő, mert néha a NetBeans okosabb az alatta futó rendszernél. Képes ugyanis felismerni a felrakott java készleteket, akkor is ha azok nincsenek a path-en.
Azt nézd meg, hogy a NetBeans-be milyen platform van belőve, illetve konzolról futtass egy 'java -version' parancsot. Ha a kettő eltér, akkor meg kell próbálni kideríteni, hogy a NetBeans hol talált rá az újabb javára, és át kell linkelni a /usr/bin/java parancsot az újra. Illetve lehet, egyéb beállítások is kellenek majd.