Látom van egy user_id index külön. Ennyi update-nél nem lesz nyerő, és ha esetleg selectnálni valaki a táblából, akkor pláne bajok lesznek. A query cache-t mindenképp kapcsold ki, mert itt gyanúsan fölösleges, és a querycache update-tel megy az idő.
A másik dolog, ahogy már említették, az a schema. Gyanítom, hogy a bigint kissé meredek a userid-nek, az unsigned meg marhaság. Esetleg az id-nél kellhet bigint, de az usigned ott sem nyerő. Az INT típus 32 bitig jó, ami unsined módon 4,2 milliárd, nekem gyanús, hogy nincs ennyi user id. :) Még valszin a MEDIUMINT sincs meg. Doksi: https://dev.mysql.com/doc/refman/8.0/en/integer-types.html - sok rekordnál, sok update-nél nagyon nem mind1, hogy mennyire sok byte-nyi adatot kell variálni.
A user_id index mennyi indokolt? Egy user_id-vel több data-value páros előfordulhat?
A mariadb update valszin kihozott valamilyen eddig lappangó problémát, mert a 3000 update, az 3000 update. Az is egy opció, hogy valami kikerült a mariadb-ből, vagy számotokra hátrányosan változott épp.
Ha dump fut, az lock tables-s csinál.