Lehet, hogy problémám van az értő olvasással - és nem értem a problémát -, de itt szerintem a diff3-t kellene alkalmazni. (https://en.wikipedia.org/wiki/Diff3) Ez teszi lehetővé, hogy ha az eredeti fájlt két különböző módon is megváltoztatták, akkor a változtatásokat összefésülje.
Szerencsére lehet könyvtárakra is alkalmazni ezt a programot, nem csak külön fájlokra. Ekkor viszont rendelkezni kell az eredeti forrással, a saját módosításokkal kiegészítettel, illetve az újabb verzió forrásával is. Ha rá akarunk nézni, hogy pontosan mi is fog történni, akkor a Kdiff3 programot kell használni (nem csak KDE alatt érhető el, van Windows-os variáns is).
Egyébként valószínűleg érdemes verziókezelőt használni - ahogy a többiek ajánlották is -, mert saját branch-ben tartva a helyi kiegészítéseket, a master/main branch-ből a sajátot akár a rebase, akár a merge segítségével lehet frissíteni, s ennek semmi hatása nem lesz a master branch-re, sőt elosztott verziókezelő esetén másnál nem is lesznek meg a helyi módosítások.