Eddig úgy csináltam a diff fájlt, hogy a módosított és az eredeti fájlok gyökeréből indultam. Lehet az eredeti gyökéren belül kell létrehozni (átmásolni) a módosított fájlokat és azt összehasonlítani. Így ha új releaset kapok, csak be kell másolnom a módosított fájlokat (a könyvtárstruktúra megőrzésével) és az alapján patchelni.
Ezt hívják úgy a Git terminológiában, hogy rebase...