miután lement az mv, csinálj rename-et:
rename 's/((?:\..+)?)\.~(\d+)~$/_$2$1/' *.~*~
ezzel vigyázz, csak akkor megy ha nincs többszörös kiterjesztés, archive.tar.gz.~5~ -> archive.tar_5.gz lesz és megint nem lesz jó.
Link (itt van több példa is, pl sed használatával).