Azt hiszem nem írtad milyen szoftverrel, de gondnolom tvheadend. Ott külön networkként fel lehet venni akár 1-1 muxot (frekvenciát) is. Vagy ha bizonyos muxokat akarsz az egyik tunerről, akkor azokat egy hálózatba, oda felvett muxokként megadni. Régebben, amikor mindigtv-hez használtam ilyet, akkor mind az 5 muxot külön hálózatba vettem fel egyenként, így dedikáltan hozzá tudtam kötni egy-egy tunerhez őket. Ennek az volt az értelme, hogy gyors volt a csatornaváltás, mert sosem kellett áthangolni.
Ha kézzel veszed fel, akkor úgy emlékszem előbb fel kell venni networköt, majd amikor muxot veszel fel, ki kell választani melyik networkhöz tartozik.
A dvb inputnál, a tunernél megadható, hogy mely networkök tartozzanak hozzá. Így csak olyan tuner(eke)t használ adott muxhoz, ami hozzá van rendelve.
https://docs.tvheadend.org/webui/config_tvadapters/