Ahogy látom az OGMRip MEncodert használ.
Derítsd ki milyen paraméterekkel hívja meg (pl. egy "wrapper" scripttel ami lementi a neki megadott paramétereket), aztán kombináld őket a -ss / -endpos (kezdeti pozíció / lejátszási idő) kapcsolókkal.
Ha saját scriptet írsz a dologra, lehet jobban jössz ki (automatizálás).
man mencoder
man oggenc
man mkvmerge (illetve mmg, az GUI)