Nem vagyok arról meggyőződve, hogy 8 MS/s-ot software-esen kell feldolgozni. Különösképpen nem úgy, hogy azon a gépen oprendszer fut, hálózati kiszolgálás, filerendszer támogatás, talán gafikus user interface is, meg toronyóra lánccal. Szerintem ez így egy nagyon rosszul tervezett rendszer.
Erre célhardware-t kell tervezni. Lehet valami CPLD vagy FPGA szerű dolog, DMA, aztán utólag RAM-ból kényelmesen feldolgozni a regisztrátumot, elküldeni SPI-n vagy USB-n már oprendszer felé az előfeldolgozott stream-et.
Egy MCU lehet, hogy tud olyat, hogy 125 ns-os timer tick-re DMA-t triggerel, s adott GPIO port címről az adatot memóriába ír. Ha megtelt a buffer, feldolgozod.