(svn-ben is látszik; konfigurációs állományok abban vannak tárolva).
Három napja semmi ilyesmi nem volt még, most meg kiderül, hogy mégis van valamilyen verziókezelő a rendszerben? :)
Továbbra is ez a legerősebb tippem, hogy ez a jelenség a te oldaladon keletkezik... a Hetzner egy kutyaközönséges olcsó VPS szolgáltató, a legolcsóbbak egyike, a nagyok (sem) adnak olyan űrtechnikát, amire gyanakszol, hogy megtörtént.