A gh clone az nem valami helyett, hanem valami mellett van. A másik repository klónozási lehetőség továbbra is megmarad, csak a Github CLI-ben van rá külön parancs, ugyanúgy, mint a többi, Githubon végezhető műveletre (amelyeket viszont a sima git nem tudja, mert nem dolga).
A lényeg, hogy a Github CLI egy egykapus CLI felület a Githubra, nem kell külön használni a git toolt, ha nem akarod. De a Github CLI-t sem kell használni, ha nem akarod CLI-ből végezni azokat a dolgokat, amiket máshogyan is lehet (pl. böngészőből PR-t nyitni).