Annak idején olvasgattam a homebrew vs ports témában, és számomra az jött ki, hogy inkább a ports. Homebrew-val az a baj - ha jól rémlik -, hogy a binárisok könyvtára homebrew esetén a homebrew-t telepítő user számára írható lesz, ami semmiképpen nem jó. Ezt talán meg lehet kerülni, ha csinálsz egy külön usert a homebrew kezelésére, és nem azzal használod a gépet napi szinten. Emiatt én inkább a macportsot használom.
Pl. egy releváns találat: Homebrew is a Major Security Flaw -- Install MacPorts Instead « Info Toast
Xcode: ibennyhez hasonlóan én is az appstore-osat használom.