Szerintem az adatbázis mögötte a kritikus pont. Ahogy nézem a logokat, ha csak levegőt veszel már basztat valamit. Megkockáztatom, hogy a mysql-t kellene tudni alatt jól tuningolni.
Nem értek hozzá annyira, hogy merjek róla ítéletet mondani, mennyire jó a design, a kód, meg a DB szerkezet, viszont már rohadt sok éve ez megy egy VM-en, 6-8 aktív userrel (család). Naptárak, kontaktok (vki pl. a Thunderbird kontakt listát sync-eli valami addonnal), file share. A mail appot azt hiszem senki nem használja éppen, mert az eléggé sajtreszelős. Fent van még egy csomó plugin (pl. ransomware védelem, ami vagy jó, vagy nem, ki tudja).
Nem tépi le senki arcát, de megy. Itt a fent emlegetett 7-10 sec-es oldal idők azért elég extrémnek tűnnek.
Az OP-nak meg annyit, hogy scriptelje le, toljon bele 100 usert, töltsön bele scripttel file-okat és rögtön tudja, mire lesz jó. A scriptet meg akár felrakhatná gitre, hogy ha valakinek ilyen igénye van, használhassa.