Az alapvetően egyforma részen lehet valami, ami mégsem egyforma. Kernel... firmware fájlok. Konfig fájlok, dto betöltések...
Meg lehet full-upgrade tesz fel olyasmit is, amit a sima upgrade nem.. ha nem ugyanarról a lemezképről indultak, esetleg valamelyiken régebbi van hardverrel kapcsolatos csomagokból
https://www.raspberrypi.org/documentation/raspbian/updating.md
Ha nagyon misztikus... csinálj teljes backupot mindkét kártyáról és cseréld meg a rendszereket rajtuk. Bár meglepne, ha maga a kártya okozna valami olyan interferenciát, ami bezavar.