Nem értek ilyen magas szinten a zenéhez, de Audacity-it már használtam hasonló célra. Gondolom itt a fő probléma az, hogy neked mit jelent a csend és talán az ilyen célú felhasználásra ez nem jó, de nekem józan paraszt ésszel itt a csend az, ahol még nincs zongora hang egy bizonyos hatérérték alatt :)
Szóval fogod az Audacity-t, beállítod a határértéket dB-ben, az időtartamot ezredmásodpercben (0.001 a legkisebb érték, amit az enyém elfogad) és aztán Truncate. Előtte persze CTRL + a és akkor nem csak az elejéről szedi ki, hanem mindenhonnan, ahol csendet talál.
Vagy ennél azért komplikáltabb?