Igazad van. Rosszul fejeztem ki magam.
Módosul, de úgy, hogy új fájl generálódik. Éppen azért, mert a fájl csak időpontokat tárol, s az elmúlt időpontokat, esetleges duplikátumokat ki kell kitörölni, időrendi sorrendbe tenni a következőket, mert nem biztos hogy sorrendben vannak, és ezt a legegyszerűbben úgy tudtam kivitelezni:
tmp_wakefile=$(mktemp -p "$HOME"/tmp) && chmod 0600 "${tmp_wakefile}"
awk -v _now="${datenow}" '$1 > _now {print $1}' < "${wakefile}" | sort | uniq > "${tmp_wakefile}"
mv -f "${tmp_wakefile}" "${wakefile}"