Se BibTeX-et, se BibLaTeX-et nem használtam még, de ha nem titok, írhatnál példákat a warningokra. Mert lehet ez eleve default ilyen, hogy oda kell logoljon, és inkább a warningokat kéne megszüntetni. De ez csak egy megérzés alapján tett javaslat, ami mentén el lehetne indulni.
Erről a .toc fájlról sem tudom micsoda, lehet egyáltalán az sem baj, ha van benne warning. Azt persze kitaláltam, hogy a toc az a table of contents rövidítése, de hogy mire való, milyen szerepe van ennek a fájlnak a végleges fordított doksi szempontjából.