Van
file_get_contents, meg
file_put_contents, de az nem byte, hanem karaktertömbökkel dolgozik. Persze, ha tudod, hogy mit csinálsz, akkor azzal is tudsz bináris fájlokat túrni. De nem akarlak lebeszélni a C-s verzióról.
Viszont, ha mutatsz példát a feldolgozandó állományból, meg, hogy mit is szeretnél csinálni, akkor akár *AWK-kal, akár PHP-vel, akár egyébbel, de biztosan fogsz kapni valamilyen tippet.