Már régen olvastam őket, most csak ezt találtam egy gyors keresésre: http://www.ivoras.net/blog/tree/2015/Feb-why-freebsds-pkg-sucks.html Illetve blogposztot többet is, de azok nem írnak konkrét hibákról, hanem csak általánosságban. Meg egy SQLite3 corruption issue-t is találtam: https://serverfault.com/questions/591590/freebsd-pkg-database-deleted (Mondjuk ebből többet is láttam, de egy része user-error volt.)
A FreeBSD-t egyébként én is használtam korábban, csak a pkgng maradt ki.