ha upgradelni akarsz egy csomagot, akkor először kézzel le kell törölni a régit
Ó, azt hiszem, rájöttem, mire gondolsz (vagy legalábbis mit olvashattál).
Igen, vannak olyan csomagok, amelyekből egyszerre több verzió is elérhető, pl. a samba, amiből jelenleg 4.6, 4.7 és 4.8 elérhető, samba46, samba47 és samba48 csomagnevekkel. Igen, ha a samba 4.6-ról 4.7-re akarsz frissíteni, akkor valóban ez a mondás, mint ahogy pl. itt le is írják. Hasonló egyébként a php is (meg néhány más esetben). De ezekben az esetben a csomag nevéből sejthető, hogy elérhető több verzió is.
Amúgy ezeken kívül a pkg upgrade általában jól megy, csak ilyen esetben szükséges (ha igény mutatkozik rá) kézi beavatkozás.