Pár kérdésem lenne ezzel kapcsolatban:
1. Miért nem fontos az in-memory táblák tartalma? Attól, hogy azok elvesznek a MySQL szerver újraindítása után, még fontosak lehetne, ha egy adott időpontban lévő rendszer állapotát akarod visszaálítani. Baromi fontos adatok is lehetnek bennük, ha egy adott időpontra akarsz visszamenni, akár debugolási célból, akár másból.
2. Ha te kontrollálod azt az szofvert, ami készíti a táblákat, miért nem rakod őket külön adatbázisba? Külön DB a perzisztens, és külön DB a nemperszisztens relációs adatokatnak. A MEMORY engine idegen kulcsokat amúgy sem támogat, úgyhogy a két adatbázis között nincsen semmilyen reláció - hiszen annak sincs értelme, hogy a perzisztens adattábla nemperzisztens adattáblára tartalmazzon idegen kulcsot. És ekkor elég csak a perzisztens DB-t dumpolnod és készen is van.