Ha megoldható, hogy a szkriptekre linkek mutassanak a megfelelő helyről, szerintem egyszerűbb megoldás.
Ha nem megoldható, akkor inkább vagy egy post-commit hook-ot írnék, ami a commit esetén automatikusan a megfelelő helyre átmásolja a változott szkriptet. Vagy (de lehet, hogy ez inkább csak a kalapács-szög eset részemről) inkább egy Makefile-t írnék (amit érdemes a szkriptek mellé csapni, természetesen őt is verziókezelni), és a post-commit-ből csak a make parancsot kell meghívni.
A post-commit-hook előnye, hogy nem kell minden módosításkor állandóan másolgatni is, hanem az automatikusan megtörténik.