Az RPI-n van 3V3Out valamelyik GPIO headeren, az AVR-ek pedig nagyon jol elketyegnek 3V3-rol is :) Pl ATmega328P, teljesen jo. Es akkor akar SPI, akar UART-on is lehet a mikrokontrollerrel beszelgetni mindenfele jelszintillesztes nelkul.
Es ha az AVRdude tud(na) nativ ISP over SPI-t is, akkor ket legy + egy csapas uzemmodban a programozas es a kommunikacio is megoldhato. 1-2 plusz GPIO azert kell ezutobbi esetben is (\RST, \CS), de ott mar aztan tenyleg nem szamit a sebesseg (raadasul ha jol latom, az RPI tud hardveres \CS-t is, szoval megjobb).