Ott van, hogy nincs garantálható válaszidőd.
Ha a kernelnek épp jobb dolga van, akkor azzal fog foglalkozni, te pedig a gpio-ddal így jártál. Ezért szoktak a kritikus dolgokhoz valamilyen mikrokontrollert használni, aminek a Pi (vagy akármi más) átadja a szükséges paramétereket, az pedig utána garantált válaszidővel működik. Már ha nem cseszted el a kódot...