Én használok rdiff-backup-ot, bár nem látom az stderr-t, mert írtam fölé egy shell scriptet, amely ad egy valamelyest, minimális grafikus felületet. Amúgy nézd meg a dmesg-et, nem tartom kizártnak, hogy a háttértárral - gondolom HDD - van valami probléma, vagy a filerendszer sérült, esetleg valamikor nem volt lecsatolva.
Nekem a backup HDD-m btrfs, amiről mentek az jellemzően ext4. Eddig még sohasem tapasztaltam hibát.
rpm -q rdiff-backup
rdiff-backup-1.2.8-23.fc27.x86_64
tr '[:lower:]' '[:upper:]' <<<locsemege
LOCSEMEGE