Esetleg Xresources segíthet.
Régen használtam, amikor az akkori DE-k még nem nagyon voltak egyszerűen konfigurálhatóak. Jó ideje nem kellett, de ha neked nem elég, amit a DE nyújt, vagy pontosan akarod specifikálni, hogy Akármi ablak melyik pixelnél nyíljon, milyen méretben, stb., akkor arra jó lehet.