"Az az érdekes, hogy eddig is töröltem fájlokat (helyi gépen), de ez a lista nem jelent meg."
Mert ha a saját gépeden törölsz file-okat, vagy végzel bármilyen más módosításokat, akkor nem egy másik repóból húzod le azokat a változtatásokat.
"Ez a lista minden pull request-nél megjelenik. Akkor érteném, ha ez az első Pull-nál megjelenne, tudomásul veszem és kész."
Nekem úgy tűnik, hogy ez a lista a pull-ban érintett refek állapotát mutatja. Az állapot minden pull-nál más, úgyhogy ez a lista is minden alkalommal más, nem? (nem az érintett ref-ek neve, hanem a többi)
"De ezentúl ha fájlt törlök a githubon (akár több százat), akkor az mindig meg fog jelenni ebben a listában?"
Miért törölsz file-okat GitHub-on? Hogyan törölsz több száz file-t GitHub-on?
A saját gépeden végezd el a módosításokat, és utána push-old azokat GitHub-ra, ne fordítva.