Nem teljesen értem, hogy mi a probléma az rdesktop indításával terminálból, mármint a terminált akarod elkerülni (gyorsbillentyű?), vagy azt keresed, hogy hova kell megadnod a boot után futó programokat?
Esetleg xdotool-ra van szükséged, ami "xdotool exec rdesktop" formában indítja neked.