Az volt a gond, hogy a
-Dlog4j.configuration=file:///${com.sun.aas.instanceRoot}/config/log4j.properties
property-nél én úgy gondoltam, hogy a file: kifejezés is kell bele, és én azt is beleírtam, de nem, csak magát a file nevet és elérési itat kell beírni.
Szóval így szépen működik. Vagyis az túlzás, mert elég sűrűn megakasztja a GlassFish indulási folyamatátát és erre még nem jöttem rá miért lehet.