Eclipse-et egy user könyvtárba telepítheted, ha megúntad letörlöd és mintha ott se lett volna. (Ha Eclipse installerrel telepíted, akkor még a .p2 foldert is le kell törölni.)
Java 8 csomagból jön, purgálod és mintha ott se lett volna.
Node.js-sel régen játszottam, de úgy emlékszem az is userként egy folderen belül önhordó.
Szóval ezek miatt nem feltétlen kell virtualizáció, én simán felraknám, aztán letörölném és kész.
Persze ez nem válasz a kérdésre, csak nem tudom belegondoltál-e mi van ha nem virtualizálsz semmit.
Más: csinálsz egy új usert (mezei jogokkal), azzal csinálsz mindent (JDK-t telepíthetsz userként csak a user alá, többi is megy). A végén letörlöd vagy archiválod arra az esetre ha folytatni akarod - ízlés szerint.