Szerintem jo megoldas, max 100 domaint rakhatsz egy letsencryptes cert-be, en igy szoktam igenyelni/frissiteni:
./letsencrypt-auto certonly -d domain.hu -d sub.domain.hu -d sub2.domain.hu --webroot -w /var/www/domain
Wildcard nincs a lejarat meg 3 honap, igy erdemes crontabba rakni ezt a parancsot.