Mysql konfig azonos? Milyen fájlrendszer van a linuxon? Milyen utasításokat hajt végre az a postolás? A táblatípusok megegyeznek? indexek ugyanazok? Táblaméret, tartalom azonos? Fordítási opciók megegyeznek (statikus, dinamikus, azonos gcc, 32/64 bit)? FreeBSD-n milyen threading library, milyen kernel? timecounter beállítás?
Így első körben ezeket nézném meg. Például a drupal halála a myisam tábla.