Egyirányú? Azaz a webshop nem módosítja az érintett adatokat? Akkor biztos lehet írni egy scriptet ami csatlakozik az mssql-hez lenyomja a select-et majd nyomatja az insert/updateeket a mysqlnek. (bár egyáltalán nem szép :))
Bár látom, hogy van olyanuk, hogy Linked Server és SSIS:
http://www.ideaexcursion.com/2009/02/25/howto-setup-sql-server-linked-s…
https://blogs.msdn.microsoft.com/mattm/2008/03/04/connecting-to-mysql-f…