(Bocs az egymás utáni dupla hozzászólásért, de azóta jobban utánanéztem)
Jessie OS alatt máshol található a GPIO portok fájlrendszerbe mappelése: /sys/devices/virtual/gpio/gpio${pin} helyett /sys/class/gpio/gpio${pin}. A LIB, amit használsz, még a régi helyen keresi, nem találja és vélelmezi, hogy nem vagy ROOT.
Egyébként root-ként át tudod állítani a GPIO-k tulajdonosát (például indításkor init.d-ben) a "chown -R user:pi /sys/class/gpio/gpio${pin}"-rel. Így nem kell neki root, akár egy php script is tud bele írni.
Részletesen itt:
https://dissectionbydavid.wordpress.com/2013/10/21/raspberry-pi-using-g…