"Emlékszem olyanokra, hogy pl. a PHP windows-os portjában a hálózati részek nem mennek"
Pont ezért lesz jó ez. Mert a kompatibilitási problémákat egy rétegnek lesz dolga megoldani, nem minden egyes portnak önállóan. Nem mondom, hogy nem lesznek, de azokat egyszerűbb egy helyen foltozni, nem?
"az egésznek semmi értelme"
Mondd ezt azoknak, akik node.js-t használtak volna akkor, amikor még nem létezett windows port. Megoldás akkor is volt, valahogy összetákolták talán cygwin-re, vagy futtatták virtuális gépben önálló linux alatt. Számukra nagyon jól fog jönni ez, meg mindenki másnak, aki Windows-t használ, de közben szüksége van linuxos eszközökre.