Szerintem nincs ezzel semmi baj. Ez nem ORM, hanem az, aminek mondja magát: "Elegant MongoDB object modeling".
Sokan összekeverik a sémamentességet azzal, hogy az objektumaidnak van-e sámája. A kettő nem ugyanaz, a mongoose egy - opcionálisan - sémamentes db-be tesz objektumokat, viszont a te szoftveredben ezeknek az objektumoknak (ami pl. egy osztály példányai) igenis van sémája: maga az osztály.