Azért ez nagyon ritkán fordul elő. Éveken keresztül használtam két-három disztrót közös /home-mal (volt egy "fő" disztró, és próbálgattam más disztrókat), és sose volt ilyen gondom.
Amire nagyon figyelni kell, hogy az UID egyezzen a rendszerekben (az egyik azt hiszem, 500-tól kezdte osztani, a másik meg 1000-től).