Ezért kérdeztem én is, hogy mekkora a ibdata1.
De nem mérvadó mert "innodb-file-per-table = 1" van beállítva így nem egy közös fájlban tárolja az adatokat. Persze így is lehet oka a lassúságnak.
Viszont ez nem biztos hogy jó választás ebből a szempontból "default-storage-engine = InnoDB"
Én azt javasolnám, hogy amit lehet konvertáljon MyIsam-ra majd ürítse az ibdata fájlokat.
Vagy több erőforrásra (memória, diszk alrendszer) van szükség.