Köszönöm a válaszokat.
- Lassuláskor a CPU wa elég nagy. Cpu(s): 1.3%us, 1.6%sy, 0.1%ni, 75.1%id, 21.5%wa, 0.2%hi, 0.3%si, 0.0%st
- Az iotop-nal, az IO oszlop nem mutat semmit, viszont 10-20 M/s ír olvas a mysql a lemezre.
- A taroló sima HDD (SATA).
slow query nem igazan van, az az érdekes hogy ha nincs egyáltalán trafik (csak én próbálgatom) akkor is web applikáció nagyon lassan töltődik be.
- A tmp-ben van egy #sql_ee0_0.MYD állomány amely újraindítás után jön létre, egy idő után nagyon nagy lesz (50GB), majd egy idő után eltűnik, ilyenkor a processlist-ben fut egy "checking permissions" query ami nagyon sokat tart.
- a processlist- sokszor üres, akkor jelenik meg benne valami amikor én tesztelem a web applikációt.
Szóval csináltam a live szerverről egy clone-t és azt próbálgatom.